现在自然环境污染比较严重，无论养殖什么，消毒工作是必不可少的，肉鸡养殖也是这样。进鸡之前，要对圈舍进行消毒对圈舍消毒一般采用熏蒸消毒。料槽、饮水器具用消毒液消毒即可，也可以放在圈舍内一些熏蒸消毒。如果不是第一次养殖，那么对圈舍消毒就是从鸡只出栏开始的。肉鸡出栏后，肉鸡舍内外病原微生物较多，必须来一次彻底清洗和消毒。消毒肉鸡舍的地面、墙壁及其周边，所有的粪便要集中成堆，让其发酵，所有养殖工具要清洗和药物消毒，消毒前要对圈舍先进行打扫、清洗，把有机废物清扫干净以便提高消毒效果。

日常消毒，也可以理解为定期消毒。多长期间进行一次消毒，这个没有严格标准，提高消毒密度是有必要的。在消毒时，要注意消毒药物的轮换使用，以免病原微生物产生抗药性和耐药性。规模养殖场一般都有严格的消毒制度和措施，而普通农户养殖数量较少，建议一个星期消毒。

发生疫情紧急消毒。一旦确定鸡群发生疫病，除了进行有效的隔离外，消毒是必须的，而且要迅速。迅速清理所有饲料、饮水和粪便，并实施紧急消毒，必要时还要对饲料和饮水进行消毒。如果是场子以外的肉鸡场户发生传染病时，也需要进行彻底的加强免疫和消毒工作。