不同种的球虫，在鸡肠道内寄生部位不一样，其致病力也不相同。柔嫩艾美耳球虫寄生于盲肠，致病力最强。毒害艾美耳球虫寄生于小肠中三分之一段，致病力强。巨型艾美耳球虫寄生于小肠，以中段为主，有一定的致病作用。堆型艾美耳球虫寄生于十二指肠及小肠前段，有一定的致病作用，严重感染时引起肠壁增厚和肠道出血等病变。和缓艾美耳球虫、哈氏艾美耳球虫寄生在小肠前段，致病力较低，可能引起肠粘膜的卡他性炎症。早熟艾美耳球虫寄生在小肠前三分之一段，致病力低，一般无肉眼可见的病变。布氏艾美耳球虫寄生于小肠后段，盲肠根部，有一定的致病力，能引起肠道点状出血和卡他性炎症。变位艾美耳球虫寄生于小肠、直肠和盲肠，有一定的致病力，轻度感染时肠道的浆膜和粘膜上出现单个的、包含卵囊的斑块，严重感染时可出现散在的或集中的斑点。